Japonyanın yerel dini olan Şintoizm, Japon kültürünün ayrılmaz bir parçasıdır. Şintoizm M.S 300 ile 600 yılları arasında ortaya çıktı. En önemli tanrısı güneş tanrıçası olarak da bilinen Amaterasu‘dur Amaterasu’nun torunlarının japonya’yı birleştiren İmparator ve onun soyundan gelen ailesi olduğuna inanılır. Yani İmparator ve ailesi aslında yarı tanrı olarak görülür. Efsaneye göre Amaterasunun anne ve babasının İzanagi ve İzagami Japonya adalarının doğmaın sağladı. bu efsaneye göre tüm insanların İzanagi ve İzagami’den geldiğine inanılır ama imparatorun kendisinin bizzat Ameterasu’nun torunu olduğu söylenir. İmparatorun gücünü ve gücüne dayalı olarak yönetme hakkına sahip olması bizzatihi Amaterasu’nun torunu olmasından kaynaklanır.
Şintoizmin takipçileri Güneş tanrıçasından başka doğada yaşadığı söylenen ve Kami olarak bilinen birçok başka tanrıya da inanırlar. Doğaya saygı ve doğanın korunması Şintoizme göre çok önemlidir. Buna ek olarak kişinin doğaya olduğu kadar kendi ailesine saygı ve belli başlı bazı temizliğe ait ritüeller Şintoizmi en önemli noktalarından biridir.
Şintoizmin dört geleneği vardır. İlki bugün dahi görülebilen ve en yaygın olan Tapınak geleneğidir. Şintoizmin bu geleneğine tabi olanlar tapınaklarda toplanır ve dua ederler. ikincisi Şinto tarikatıdır ki toplantı salonlarında dua eden 13 grubu ihtiva eder. Bu 13 grup 19. yy sırasında oluşmuştur ve Fuji dağı ve Konfüçyusçuluk gibi içerisinde dağ tapınması ihtiva eden inanç sistemlerini de kendine katmıştır. Üçüncü gelenek halk Şintosu ise kehanet ve Şamanist iyileştirmeler gibi yöntemleri de içene alan gelenektir. Diğer geleneklere göre çok daha az organizedir. Artık varolmayan Devlet Şinto’su geleneği ise II. dünya savaşı öncesi Japonya’nın resmi dini idi. Bu din Meiji hanedanlığı sırasında imparatora tam bir adanmışlığı talep ederken Konfüçyus ve Budist etkilerini de ortadan kaldırmaya çalıştı. Devlet Şinto’sunun imparatora sadakat vurgusu, II. Dünya savaşı sırasında kamikaze olarak bilinen Japon intihar uçak saldırılarının manevi altyapısını da oluşturmuştur.
Bugün çoğu Japon, Zen budizmi ile Şinto tapınağı geleneği karışımı bir inanç sistemine tabidir.